A Fundação Universidade Federal do Amapá (UNIFAP) iniciou suas atividades em 1970 como Núcleo Avançado de Ensino (NEM), vinculado à Universidade Federal do Pará (UFPA), com a oferta de aproximadamente 500 (quinhentas) vagas voltadas para o campo do magistério (licenciatura curta), implantando, assim, o ensino superior no Amapá.
Na década de 1990, cria-se, de fato, a Fundação Universidade Federal do Amapá, autorizada por meio do Decreto n.º 98.977, de 2 de março de 1990, publicado no Diário Oficial da União n.º 43, de 5 de março de 1990, nos termos da Lei n.º 7.530, de 29 de agosto de 1986, que autoriza o Poder Executivo a instituí-la, tendo seu estatuto aprovado pela Portaria Ministerial n.º 868/90, de acordo com o Parecer n.º 649/90-SESu, aprovado em 9 de agosto de 1990 e publicado na Documenta MRC n.º 35, tornando-a uma Instituição de Ensino Superior (IES), mantida pela União. Em 1991, com a nomeação de um reitor pro tempore, a UNIFAP realiza o primeiro vestibular para os cursos de Direito, Secretariado Executivo, Geografia, História, Matemática, Letras, Educação Artística e Enfermagem. Com isso, institui-se de fato a Fundação Universidade Federal do Amapá.
A UNIFAP possui autonomia didático-científica, disciplinar, administrativa e de gestão financeira e patrimonial. Conforme estabelecido no Artigo 3º do Regimento Geral, a UNIFAP tem por objetivos e funções:
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